Fué en 1604 cuando tras una visita del obispo Fray Juan de Portocarrero, éste inició un pleito contra su pariente el Marqués de Villena, por no tener Serón un templo adecuado para el culto, ya que el señor territorial cobraba dos tercios de los diezmos de los infieles que se habían convertido al cristianismo, con la obligación de construir las iglesias necesarias, quedando el tercio restante en manos del obispado y el cabildo. La probanza de la villa de Serón, según precisaron los testigos, los diezmos valdrían: "Un año con otro 1500 ducados, de los cuales llevaría el Marqués los mil y el obispo y el cabildo los restantes"
Su edificación se vió jalonada por un rosario de conflictos entre el obispado y el Marqués, ya que en aquellas fechas Serón era capital de una vicaría, la mayor villa del Almanzora y generaba recursos suficientes para la construcción de un nuevo templo tras la ruina del anterior.
Durante casi dos décadas se sucedieron las disputas entre estos dos personajes, donde el obispo decía que la iglesia estaba destrozada y era obligación sólo del Marqués el reedificarla. Este alegaba que ni las reparaciones eran de su competencia ni el templo estaba en malas condiciones. Por lo que en 1621 el pueblo de Serón, harto de las interminables disputas entre el obispado y el señor territorial, decidieron personarse en el pleito para decir que: "Está caída y asolada y esta villa no tiene Iglesia ninguna donde se celebren los oficios divinos"
Estos conflictos se vieron zanjados en 1622 en que el alto tribunal dicta sentencia, obligando a que todos los interesados en los diezmos contribuyeran a la construcción de la iglesia, incluyendo al obispado y al cabildo. Por lo que se comisionaba al alcalde de Guadix, Don Cristóbal de Teruel para que se trasladara a la villa de Serón y realizara los embargos que correspondiera, y ordenara la traza y construcción de dicha iglesia. Todo esto dió lugar a que un año después el citado alcalde llegara a Serón y poniéndose todas las autoridades a su disposición, empezaran por trazar la planta.
Se presentaron dos proyectos, uno de Alonso Medina, natural de Baza, y otro de Gabriel Campos, vecino de Granada, por lo que se tomó la decisión de que desarrollaran un proyecto común lo que hicieron sólo dos días más tarde, presentando una traza que tomaba de base la de Alonso de Medina.
El otro problema que se había de resolver era el del emplazamiento en que se había de situar el nuevo edificio, y los materiales para su construcción, pro lo que Cristóbal Terual, acompañado por los arquitectos, autoridades y vecinos, emprendieron una visita por el pueblo, lo que dió lugar a un auto del citado Cristóbal fechado el día 11-12-1623 que decía: "Fue al sytio donde esta la yglesia antigua desta villa, questa toda caída y descubierta por lo alto y estando en ella su merced pregunto sy se a de hacer la fabrica de la yglesia nueba en aquel mesmo sytio con mas comodidad y todos los dichos beneficiado, gobernador, alcaldes y regidor y otros dixeron que en este sytio donde esta la iglesia bieja se ha de hacer la nueva porque no ay otros mas a propósito en toda esta villa donde se puede hacer y para beneficio de la obra conbiene se haga en este sytio por aver en el un pozo de donde se puede sacar toda el agua necesaria para la dicha obra, que esta a pie de ella". Continuaba argumentando que si se edificaba en otro lugar, se habría de comprar y derribar muchas casas, lo cual se evitaba usando el solar de la vieja iglesia. Con este dictamen, realizado bajo juramentos de rigor, quedó totalmente zanjada la cuestión.
De la misma manera fueron consultados sobre el material que se habría de emplear. Los maestros albañiles estuvieron de acuerdo que lo mejor sería: "caxones de mampostería de piedra tosca y mezcla de cal y arena con sus rafas y esquinas de ladrillo".
La obra fué tasada en 11.200 ducados y se fijó un plazo de seis años para su conclusión, por lo que sólo faltaba adjudicarla entre los distintos maestros albañiles que había en la zona. Varios de ellos realizaron posturas que eran pregonadas para que fueran conocidas por los interesados, la última la realizó Miguel Mazo que se comprometía a realizar la obra en 9.500 ducados. Por esto, Cristóbal de Teruel dictó un acto para que se convocara a todos los interesados a las tres de la tarde del día 17 de diciembre de 1623 y se le sinformara de antemano de la última postura por si había alguien más dispuesto a rebajar dicha cantidad. Se reunieron en la plaza el gobernador, los mayordomos del marqués y del obispo, y demás autoridades, junto a todos los maestros albañiles interesados, así como los vecinos que se congregaron a la voz del pregonero. Todos se concentraron en torno a Cristóbal de Teruel.
Serón carecía de reloj a través del cual se pudiera controlar el tiempo por lo que se dictó un auto para que fuera una vela o "candelilla" la que, colocada a la vista de todos, marcara el tiempo que duraría la subasta desde su encendido hasta que se consumiera en su totalidad.
Encendida la citada candelilla se procedió a la subasta, pero nadie hacía una propuesta mas baja que la de Miguel Mazo, por lo que se empezó a llamar uno a uno a todos los maestros albañiles, llegando a tal punto que con la candelilla consumida y tras comprobar que ninguno de los presentes tenía interés en hacer rebaja en dicha obra, se dictó auto para que Miguel Mazo, vecino de la villa de Tíjola, presentara las fianzas necesarias.
El proyecto de la obra se debe básicamente a técnicos llegados de la comarca de Baza, a la que siempre han estado ligadas las tierras del Alto Almanzora. La ejecución material de la obra fue el resultado del trabajo de artesanos de la propia comarca, por lo que el templo es el testimonio evidente de la extraordinaria calidad que alcanzó el trabajo de la artesanía y arquitectura de la zona.
